L'AQP cherchant la «potentialité» dans Tout, s'est dotée d'une organisation unique en ce monde vulgaire qui lui permet de fonctionner autant comme Société à but non lucratif, Société savante et Ateliers de Travaux Pataphysiques.
L'AQP est administré par la Chambre du Contrecoeur ou Chandellerie composée de deux administrateurs – le Chandelier d'Argent et le Chandelier de Plomb, l'un chargé de la Phynance, l'autre des Écrits administratifs – et de Sa Luminescence.
L'assemblée des membres est nommée Convent. Le Convent se réunit une fois par mois pendant huit mois et s'octroie l'été pour vaguer à de libres occupations. La Chandellerie y fait état de nouvelles fraîches et les membres y rafraîchissent leurs travaux en les partageant avec les autres et en y cueillant leurs savantes idées.
Les occupations des membres sont partagées entre des Chaires Statutaires – indispensables au fonctionnement interne du Convent ainsi qu'à ses manifestations publiques - et des Chaires de Travaux exceptionnels, sorte d'ateliers de créativité pataphysique, indispensables à la maintenance de l'esprit pataphysique.
Rituels pataphysiques
L'esprit pataphysique qui doit régner lors des Convent est appelé grâce à des rituels imaginaires, certains statutaires, dont :
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l'Alias
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la Table pataphysique
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etc.
